Ab 1952 wurde der Bahnhof als Lager- raum genutzt. 1977 wurde er wegen Einsturzgefahr gesperrt. Stattdessen wurde in Nachbarschaft zum Kaiserbahnhof der Bahnhof Wildpark, später Bahnhof Park Sanssouci, errichtet bereits 1869, wieder reaktiviert.
Der Bahnhof wurde 1999 in die Liste des UNESCO-Weltkulturerbe aufgenommen.
Am 16. Juni 2005 fand die feierliche Eröffnung der DB Akademie im Kaiserbahnhof zu Potsdam statt. Das Auditorium der Akademie ist mit modernster Technik ausgestattet und bietet Platz für 170 Seminarteilnehmer.
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